Berdasarkan klasifikasi yang dibuat oleh Carl Woese yang mengacu pada analisis variasi RNAr organisme prokariotik ini secara fundamental dipisahkan menjadi dua kelompok yang berbeda, yaitu Archaebacteria dan Eubacteria.
1. Archaebacteria
Karakteristik yang dimilik oleh Archaebacteria antara lain:- sel penyusun tubuhnya bertipe prokariotik;
- mempunyai simpleRNA polymerase;
- dinding sel bukan dari peptidoglikan;
- tidak mempunyai membran nukleus dan tidak mempunyai organel sel;
- ARNt nya berupa metionin;
- sensitive pada toksin dipteri.
Archaaebacteria diklasifikasikan berdasarkan habitatnya menjadi 3, yaitu kelompok methanogen, halofit ekstrim(suka garam) dan termo asidofil (suka panas dan asam).
a. Methanogen
Methanogen ini hidupnya bersifat anaerob atau tidak memerlukan oksigen dan heterotrof, dapat menghasilkan methan (CH4), tempat hidupnya di lumpur, rawa-rawa, saluran pencernaan anai-anai (rayap), saluran pencernaan sapi, saluran pencernaan manusia dan lain-lain.
Contoh:
– Lachnospira multiparus, organisme ini mampu menyederhanakan pektin
– Ruminococcus albus, organisme ini mampu menghidrolisis selulosa
– Succumonas amylotica, mempunyai kemampuan menguraikan amilum.
– Methanococcus janashii, penghasil gas methane
b. Halofit ekstrim
Sebagian besar mikroorganisme ini bersifat aerob heterotrof walaupun ada yang bersifat anaerob dan fotosintetik dengan pigmen yang dimilikinya berupa bakteriorodopsin. Habitat pada lingkungan berkadar garam tinggi, seperti di danau Great Salt (danau garam), Laut Mati, atau di dalam makanan yang bergaram.
c. Thermo asidofil
Archaebacteria adalah organisme uniseluler, tidak berklorofilprokariot, hidup pada lingkungan yang ekstrim Thermoasidofil adalah mikroorganisme kemoautotrof yang dapat memanfaatkan H2S sebagai sumber energi. Hidup di lingkungan panas (60 – 80) oC dan pH 2 – 4, habitat di sumber air panas seperti Sulfolobus di taman nasional Yellow stone atau kawah gunung berapi di dasar laut.
2. Eubacteria
Eubakteria disebut juga bakteri sejati, sama dengan archaebacteria yang bersifat prokariotik. Ciri-ciri yang dimiliki oleh bakteri ini antara lain:- mempunyai dinding sel yang mengandung peptidoglikan
- telah mempunyai organel sel berupa ribosom yang mengandung satu jenis ARN polymerase
- membran plasmanya mengandung lipid dan ikatan ester
- sel bakteri mempunyai kemampuan untuk mensekresikan lendir ke permukaan dinding selnya, lendir ini jika terakumulasi akan dapat membentuk kapsul dan kapsul inilah sebagai pelindung untuk mempertahankan diri jika kondisi lingkungan tidak menguntungkan baginya. Bakteri yang berkapsul biasanya lebih patogen dari pada yang tidak mempunyai kapsul
- Sitoplasma bakteri terdiri dari protein, karbohidrat, lemak, ion organik, kromatofora, juga terdapat organel sel kecil- kecil yang disebut ribosom dan asam nukleat sebagai penyusun ADN dan ARN.
