Enzim yang lengkap tersusun dari senyawa protein dan nonprotein. Komponen protein disebut apoenzim. Apoenzim bersifat labil (mudah berubah) dan dipengaruhi oleh suhu dan pH. Bagian nonprotein disebut gugus prostetik. Gugus prostetik dapat berupa ion anorganik maupun senyawa organik kompleks. Gugus protestik dari ion anorganik disebut kofaktor, misalnya kalsium (Ca), klor (Cl), natrium (Na), dan kalium (K). Atom logam juga dapat dijadikan sebagai kofaktor, misalnya seng (Zn), besi (Fe), tembaga (Cu), dan magnesium (Mg). Kofaktor berfungsi sebagai katalis yang dapat meningkatkan fungsi enzim, misalnya enzim ptialin dalam air udah (saliva) akan bekerja lebih baik jika terdapat klorida (Cl) dan kalsium (Ca). Enzim yang terikat dengan kofaktor disebut holoenzim.
Gugus prostetik dari senyawa organik kompleks disebut koenzim, contohnya vitamin B1 (tiamin), B2 (riboflavin), B3 (niasin), B5 (asam pantotenat), B6 (piridoksin), B11 (asam folat), B12 (kobalamin), vitamin H (biotin), koenzim A, NAD+ (nicotinamide adenine dinucleotide), FMN (flacin mononucleotide), dan FAD+ (flavin adenin dinucleotide). Koenzim berfungsi memindahkan gugus kimia, atom, atau elektron dari satu enzim ke enzim lainnya.
