Pengelompokan bakteri berdasarkan cara memperoleh makanan terbagi atas 2 jenis bakteri yaitu Bakteri autotrof dan Bakteri heterotrof, berikut penjelasannya.
a. Bakteri autotrof
Bakteri jenis ini dapat menyusun makanan untuk kebutuhannya sendiri dengan cara mensintesis zat-zat anorganik menjadi zat organik. Jika energi untuk penyusunan tersebut bersumber dari cahaya matahari maka bakteri tersebut dikenal dengan sebutan fotoautotrof dan apabila energi untuk penyusunan zat organik berasal dari hasil reaksi kimia disebut kemoautotrof.
Contoh bakteri fotoautotrof:
- Bakteri hijau, bakteri ini memiliki pigmen hijau yang dinamakan bakterioviridin atau bakterioklorofil.
- Bakteri ungu, memiliki pigmen ungu, merah atau kuning disebut bakteriopurpurin Contoh bakteri kemoautotrof:
- Bakteri nitrifikasi, yang terdiri Nitrosomonas, Nitrosococcus, Nitrobacter.
- Nitrospira, Nitrosocystis.
b. Bakteri heterotrof
Bakteri tipe ini tidak dapat mengubah zat anorganik menjadi zat organik, sehingga untuk keperluan makannya bergantung pada zat organik yang ada di sekitarnya. Bakteri heterotrof dapat dibedakan menjadi 2 macam, yaitu:
- Parasit, bakteri yang kebutuhan zat makanan tergantung pada organisme lain. Contoh: Treponema hidup pada manusia, Borrelia hidup pada hewan dan manusia.
- Saprofit, bakteri yang memperoleh makanan dari sisa-sisa zat organik. Bakteri jenis ini memiliki kemampuan untuk merombak zat organik menjadi zat anorganik. Contoh: Bakteri Escherichia coli yang hidup pada colon (usus besar) manusia. Dalam keadaan tertentu dapat mengubah asam semut menjadi CO2 dan H2O. Thiobacillus denitrificans dapat menguraikan senyawa nitrat menjadi nitrit.
